De TU/e heeft gekozen voor het model van de ongedeelde medezeggenschap, dat wil zeggen dat medewerkers en studenten in één centrale Universiteitsraad vertegenwoordigd zijn. De Universiteitsraad (UR) van de TU/e wordt daarbij voorgezeten door een onafhankelijk voorzitter, die steeds voor een periode van 4 jaar door de gekozen leden van de Raad wordt benoemd.
De Universiteitsraad telt achttien leden, gelijkelijk verdeeld over studenten en medewerkers. De personeelsleden komen uit de fractie PUR (Personeelsfractie Universiteitsraad); de studentleden zijn verdeeld over drie studentenfracties, Groep-één, De Ambitieuze Student (DAS) en ONS. De studenten in de UR worden jaarlijks gekozen; de personeelsleden worden elke twee jaar gekozen. Tenminste acht keer per jaar vindt er een vergadering plaats van de voltallige UR met het CvB.
Behalve de UR kent de TU/e nog andere medezeggenschapsorganen, waaronder de Faculteitsraden en de Dienstraad. De Faculteitsraden behandelen vooral strategische en beleidsmatige zaken op faculteitsniveau, bijvoorbeeld de faculteitsbegroting en de onderwijs- en examenreglementen. De Dienstraad is het medezeggenschapsorgaan dat de belangen behartigt van de medewerkers van de Centrale Diensten van de TU/e.
Verder zijn er op de universiteit opleidingscommissies per (groep van) opleiding(en) actief. Tevens is er een Gemeenschappelijke Opleidingscommissie, waar de faculteitsoverstijgende zaken van het Bachelor College en de Graduate School aan de orde komen.
Tenslotte is er ook nog het Instellingsgebonden overleg tussen de werkgever (de TU/e) en de werknemersorganisaties die partij zijn bij de cao.
De UR voert regelmatig overleg met de andere medezeggenschapsorganen.